Kekkei Genkai (Наследие крови)
Кеккей генкай – это умения, передающиеся от родителей к детям. Это генетическое наследие, дающее шиноби уникальные способности и физические черты, недоступные никому в мире, кроме них.
Также существуют шиноби обладающие уникальными способностями, которые не может повторить никто, однако их родословные неизвестны.

Кеккегенкаи известные миру наруто (на данный момент)
Byakugan (клан Хьюга)
Бьякуган – это наследная черта клана Хьюга. Этот клан участвовал в создании деревни Скрытого Листа и является одним из самых уважаемых кланов в этой деревне. Как говорят, клан Хьюга является предком клана Учиха, чьей особенностью является Шаринган. Когда Бьякуган активирован, он дает члену клана обостренное чувство восприятия. Нинзя начинает видеть сквозь препятствия и получает угол обзора почти в 360 градусов. Однако у Бьякугана есть слепое пятно расположенное возле верхнего позвонка, что не дает нинзя возможность видеть эту область. Также такие глаза обладают способностью видеть тенкецу противника – точки циркуляции чакры.
Члены клана используют Бьякуган вместе с уникальным боевым стилем мягкой руки (Джуукен), разработанным в клане. Испуская пальцами чакру, и попадая в тенкецу противника, нинзя может ускорить или полностью остановить поток его чакры, тем самым не давая ему возможности использовать свои техники. Так как вокруг внутренних органов расположена сеть циркуляции чакры, точное попадание может поразить любой внутренний орган не оставляя внешних повреждений.

Rinnegan
Риннеган – наследная черта отшельника Рокюдо и его потомков. Отшельник Рокюдо считается первым шиноби и среди трех основных доуджутсу,его способность считается самой могущественной. Он является изобретателем большинства видов нинджутсу. Риннеган мог служить целям и созидания и разрушения. Считается, что нинзя, обладающий Риннеганом может использовать все доступные разновидности техник (имеется ввиду техник огня, воды, ветра, земли и молнии).
Истинное могущество Риннегана в настоящее время неизвестно. Сирота из деревни Дождя Нагато, являющийся наследником этого Доуджутсу, использовал Риннеган подсознательно, когда был испуган или если ему угрожала опасность. Он впадал в бешенство, что позволяло ему побеждать намного более сильных своих противников. Нагато, известный как Пейн, является лидером Акацуки, а также входит в группу мятежников деревни Дождя. С помощью Риннегана он может перемещать свой разум в другие тела, что делает его практически неуязвимым.

Sharingan (Клан Учиха)
Шаринган – наследная черта клана Учиха. Считается, что клан Учиха является потомком клана Хьюга, а его Шаринган не что иное как эволюционировавшийся Бьякуган. Это Доуджутсу имеет способность моментально определить разновидность нинджутсу, генджутсу или тайджутсу и принять контрмеры. Также носитель Шарингана обладает способностью моментально запомнить и повторить джутсу врага. Однако, носитель Шарингана не может повторить джутсу, которые являются уникальными способностями кеккей генкай, а также если нинзя не хватает чакры на выполнение джутсу.
Член клана Учиха не обладает Шаринганом с самого рождения; он появляется позже, обычно во время жестоких сражений или стрессовых ситуаций. Шаринган может быть трансплантирован шиноби, не принадлежащему к клану медиком специалистом, как это произошло с Хатаке Какаши, Шаринган которому передал его друг Учиха Обито. Однако, поскольку его тело не приспособлено с рождения к Шарингану, это умение забирает у него гораздо больше чакры, чем у представителя клана Учиха. Чтобы уменьшить воздействие Шарингана на свое тело Какаши обычно скрывает его под повязкой. Однако Какаши хоть и не является Учиха, но он смог улучшить свой Шаринган.
Шаринган может содержать в себе три Томоэ («запятых»). Количество Томоэ в глазу свидетельствует об уровне развития Шарингана. Существует также редчайшая форма Шарингана – Мангекю, чье развитие выходит за рамки количества Томоэ, но об этом читайте далее. Обладатель двух Томоэ в состоянии отслеживать движения противника и немного копировать их. Однако если скорость атак слишком высока, помочь могут только три Томоэ, что считается наивысшей формой стандартного Шарингана.
Также два Томоэ позволяют отличать генджутсу от реальности. Такой Шаринган может отличить реальную угрозу от иллюзорной. Также такой Шаринган в состоянии различить потоки чакры, однако он не может различить тенкецу и увидеть полную систему циркуляции чакры. На это способен лишь Бьякуган.
Глаз, содержащий три Томоэ в состоянии различить мельчайшие движения противника. Эта способность предотвращает ненужные движения и позволяет нинзя более экономно расходовать чакру. Различая движения противника носитель Шарингана может нанести удар за мгновение до того, как это сделает противник.
Три Томоэ позволяют нинзя накладывать генджутсу или гипнотизировать одним лишь взглядом. Также Шаринган с тремя Томоэ в состоянии отразить генджутсу на использовавшего его, при этом нинзя нет необходимости складывать печати руки.

Shikotsu Myaku (клан Кагуя)
Шикоцу Мьяку – наследная черта клана Кагуя. Клан Кагуя происходил из Водной страны и был известен своей кровожадность. Однажды, глупо напав на деревню Скрытого Тумана они все были уничтожены, кроме Кимимаро. Этот клан имел способность перераспределять кальций в теле, что позволяло им выращивать кости в любом месте, а также вытаскивая их использовать как оружие. Такие кости были прочнее стали. Используя различные стили тайджутсу, так называемые танцы, Кимимаро мог наносить большой урон противнику. А земная печать, которую дал Кимимаро Орочимару, позволяла ему использовать свои наследные способности в полной мере.

Souma no Kou (клан Укона и Сакона)
Соума но Кё – наследная черта братьев Сакона и Укона. Эта способность позволяла братьям разделять свои тела на молекулярном уровне или сливать их вместе. Укон улучшил эту способность, когда получил Проклятую печать второго уровня. Активизируя печать, он в состоянии сливать свое тело с телом врага, и разрывать его клетки. Эта техника убийства известна как Кисей Кикай.
С помощью чакры Укон мог по разному деформировать свои клетки и сливать их с клетками противника. Однако, если враг, с которым слился Укон будет ранен, то повреждение полностью отразится и на Уконе и останентся на нем, даже если он выйдет из тела жертвы. Неизвестно, обладал ли его брат Сакон той же способностью.
Эта наследная черта использовалась братьями в рукопашном бою, что давало им возможность удивить врага. Они могли отражать любые удары находясь в теле друг друга посредством появления своих собственных руг и ног.